Miquel Josep Serra i Ferrer 1713-ban született a Spanyolországhoz tartozó Mallorcán, szegény családban. 1730. november 14-én lépett be a ferences rendbe, ekkor kapta szerzetesi névként Isten szolgája Juniper ferences testvér után a Juniper nevet. Tanulmányait kiválóan végezte el, filozófiai doktorátust szerzett. Ezután filozófiát oktatott a Lullian Egyetemen, Palma de Mallorcán.

1749-ben elöljárói engedélyével misszionárius lett. Először Mexikóban dolgozott, majd amikor 1767-ben a jezsuitákat elküldték Spanyol Birodalomból, őt küldték északra, hogy vegye át a volt jezsuita missziókat Kaliforniában. Alsó-Kaliforniában (Baja California) alapított missziós telepet, majd kilenc másik missziót az akkori Felső-Kalifornia (Alta California) területén, San Diegótól San Franciscóig, melyek abban az időben Új-Spanyolország Las Californias nevű részéhez tartoztak. San Diegót, Kalifornia első települését Junípero Serra és ferences rendtársai alapították 1769-ben. Fontosnak tartotta az őslakosok misszionálását. Több missziós utat tartott, olyan területeken is, melyek addig felfedezetlenek voltak. Jelmondatához egész életében hűséges volt: "Csak előre, mindig előre, sohasem hátra!"

1776. szeptember 17-én megalapította San Francisco városát. Nem messze a várostól, Monterey-ben halt meg 1784. augusztus 28-án.