Az inkvizíció kialakulása a XII. századra tehető, és kezdetben azok ellen irányult, akik a társadalom alapvető értékeit, létalapját erőszakosan támadták, például a házasságot, a családot, az államot, némelyek egymást is megölték, hogy bizonyítsák a lélekvándorlásba vetett hitüket.

A római jog szerint –, amelyen az európai jogrendszer alapul – a legnagyobb bűnnek az állam működését megdönteni szándékozó szervezkedések számítottak.

Ha teret engedtek volna az ilyen világnézeteknek, az állam alapjaiban rendült volna meg.

Az akkori társadalmat nemcsak belső, hanem külső ellenség is fenyegette: a mohamedánok hódításai, akik ellen egy meggyengült, belső viszályokkal küzdő államhatalom nem tudta volna felvenni a harcot, ezért volt szükség a veszélyes eszmék gyors és hatékony elfojtására.

Az Egyházban az előbb említett okok miatt valóságosan meglévő visszaélések, bűnök miatt kilépett reformátorok igyekeztek minél többeket megnyerni a maguk tanainak. Akkoriban még az a felfogás uralkodott, hogy minden népnek az uralkodó vallását kell követnie. A másik hiten lévők nem akarták a maguk hitét feladni, amelyre erőszakkal kényszerítették őket, ezért fellázadtak.