Ennek megfelelően a kirendelt kapitány, mielőtt Batthyány
szobáját és holmiját lefoglalta volna, arra hivatkozva, hogy a faluban
van dolga, magára hagyta az asszonyt, akinek így lehetősége volt a
legfontosabb leveleket és okmányokat magához vennie. Az óvatosság
ellenére a szobában maradt egy üresnek vélt pénzes láda, amelyet a
grófné akkor jelentéktelennek ítélt. Nem tudta, hogy a láda személyes
leveleket rejtett, amelyek íly módon, később a legfelsőbb bécsi körök
ízléstelen gúnyolódásainak témájává válhattak. A bécsi társaságban
hangosan nevetgélve olvasták fel azokat, sőt egyesek állítólag
kereskedtek is velük.
A grófné az elkövetkezendő két hetet teljes bizonytalanságban töltötte és csak január 20-án értesült férje tényleges letartóztatásáról. A következő napon a háborús körülmények, valamint a családi és baráti tanácsok ellenére, Emmy lányával együtt azonnal Budára indult, ahol többszöri próbálkozásra kapott csak engedélyt férje meglátogatására. "Egy őrnagy kíséretével beeresztettek a szobába, hol Lajos mosolyogva fogadott bennünket, talán azért nevetett, hogy meg ne ijedjünk, mert mi mind a ketten sírtunk, midőn így szabadságától megfosztva láttuk őt." Mivel perében két hétig semmiféle előrelépés nem történt az asszony visszautazott Ikervárra gyermekeihez és csak március 10-én érkezett ismét Budára. Ez idő alatt két ízben is levelet intézett Windisch-Grätzhez, melyben kérte, hogy engedélyezze férje szabadlábon való védekezését, ám a herceg ezt elutasította. Csupán annyit tudott elérni, hogy gyermekeivel együtt gyakrabban látogathatta meg a grófot, sőt - ami nagy kegynek számított - órákat tölthettek együtt a fogházban, s tanúk nélkül beszélgethettek.
Április 23-án azonban véget ért a fogságnak ez a viszonylag emberségesebb korszaka. A fővárosba igyekvő felszabadító magyar seregek érkezésének hírére a foglyokat reggel felpakolták és Laibachba (mai Ljubjana) szállították. Előző este hiába könyörgött férjének a grófné, hogy inasnak öltözve, álruhában szökjön meg vele. Az osztrák katonák körében eluralkodó zűrzavar közepette észrevétlenül kisétálhattak volna a várból. Ám a büszke gróf nem fogadta el az ajánlatot: "Jó lovon, karddal a kézben szívesen, de így asszony mögé bújva, ahhoz nem tudom elhatározni (magamat)."
"Szegény Lajos! Talán később megbánta, ... hogy tanácsomat nem fogadta el. Talán most is élne, ha akkor hallgatott volna rám, talán hazánk sorsa más fordulatot vett volna, de ha ő sem változtathatott volna rajta, akkor bizonyosan nem kívánt volna tanúnak lenni, a sok bajnak, nyomorúságnak, mi Magyarország legyőzetése után következett" - emlékezett vissza felesége 1865 körül. Útközben a vas megyei Jánosháza közelében egy csapat kaszával felfegyverkezett paraszt ki akarta szabadítani. A nép lecsillapítására Batthyány maga vállalkozott, mivel tudta, hogy szökési kísérlet esetén azonnali lőparancs lépett volna életbe.
Az áprilisi elválás után a házaspár csak július utolsó napjaiban láthatta ismét viszont egymást. "Nagyon szomorú hatást tett kinézése, sovány lett ezen rövid idő alatt, melyben nem láttam, megőszült." A grófné Olmützbe is követni akarta férjét, ahová Klapka augusztus 3-i sikeres komáromi kitörési akcióját követően szállították, ám a hatóságok Bécsben feltartóztatták az asszonyt, és Schwarzenberg miniszterelnök megtagadta tőle a továbbutazást. Időközben augusztus 13-án a magyar csapatok Világosnál letették a fegyvert. Batthyányné Bécsben értesült arról, hogy az olmützi foglyokat Pestre szállítják. Ekkor gyermekeivel rögtön Pozsonyba utazott, hiszen azt feltételezte, hogy itt fogják őket hajóra tenni.
A Duna-partra sietett, ahol megpillantotta a grófot szállító rabkocsit. Ekkor a szerelmes asszony a tömegen és a katonaságon verekedte át magát, hogy pár szót válthasson férjével. "Mit éreztem akkor, azt nem írhatom le, gyermekeimmel együtt odasiettem, nem tudom hogyan, keresztül az őrökön, a katonákon, a kocsinál voltam, odarohantam, kezét fogtam, megcsókoltam, sejdítettem azon percben, mi fog később történni? Annyira kezdtem sírni, nem tudtam magamon uralkodni. ... Lajos kérdezte: Miért sírsz? De ő is meg volt indulva, megcsókolta a gyermekeket, és önkénytelenül egy lépést tett, mintha ki akarna ugrani a kocsiból, fia felé nyúlt, kit karomban tartottam, hogy lássa atyját. Azonnal egy káplár jött és szólította: Gróf úr! Maradjon a kocsiban, szálljon be!"
A világosi fegyverletételt követően egyre több fogoly került a pesti Újépületbe. Megkezdődtek a perek és az ítéletek végrehajtásai. Ma már kevesen tudják, hogy 1849 és 1853 között közel 150 embert végeztek ki, s ezreket ítéltek várfogságra. A bécsi önkényuralom Magyarországot saját politikai vezető elitjétől kívánta megfosztani. A hangulat a foglyok között is egyre nyomasztóbbá vált. A grófné Pesten naponta meglátogathatta férjét. "Némelykor nagyon komolynak és szomorúnak találtam őt, ismételt kérdéseimre, miért oly gondolkodó, nem felelt határozottan, sorsa fölött különböző módon nyilatkozott, egyszer jót remélt, máskor haláláról szólt." Október 4-én pedig arra kérte szerető hitvesét, hogy szerezzen számára mérget. Tán megérezte a másnap hajnali ítéletet?
